Gagauz Yeri, 23 Aralık 1994 tarihinde ilk başkanları olan Stefan Topal'ın önderliğinde Moldova’ya bağlı özerk bir bölge olarak kuruldu.
Gagauz Türkleri, Oğuz boyundan gelen Ortodoks Hristiyan bir Türk topluluğu olarak bilinirler. Kökenleri ile ilgili olarak çok sayıda görüş ileri sürülmüş olsa da tarihçiler tarafından genel kabul gören görüş; Gagauzların Oğuzlar, Kumanlar, Peçenekler gibi farklı Türk boylarının karışması ve kaynaşması ile ortaya çıktıklarıdır.
İlk defa 14. yüzyılda Balkanlarda bugünkü Bulgaristan sınırları içinde merkezi Balçık şehri olan bir devlet kuran Gagauzlar, Yıldırım Bayezid'in Balkanları fethiyle birlikte 14. yüzyılın başlarından itibaren Osmanlı hâkimiyeti altına girmişlerdir. 20. yüzyılın başlarına kadar da Türkiye Türkleri ile aynı devletin vatandaşı olarak yaşamışlardır.
18. yüzyılda Osmanlı-Rus savaşları, Bulgarların baskıları ve Rusların teşviki gibi sebeplerle Besarabya bölgesine yerleşmişler; 1770 yılında Moldova'da ilk defa biri Çadır diğeri Orak isimli yerleşim yerlerini kurmuşlardır.
1917 Ekim devrimi ile birlikte Sovyetler Birliği’nin kurulmasının ardından, Stalin döneminde Gagauzların bir kısmı Ukrayna, diğer kısmı ise Moldova'ya bağlanmışlardır. Gagauzlar, 1940-41 yılları arasında Sovyet idaresi, 1941-1944 yılları arasında Romenlerin hâkimiyeti altında kalmışlardır. Gagauz Türklerinin yaşadıkları Besarabya bölgesi, 1947 Paris Antlaşması ile Sovyetler Birliğine bağlanmış, Gagauzların büyük bir kısmı Moldova sınırları içerisinde kalmıştır.
Sovyetler Birliğini etkileyen glasnost ve perestroyka politikaları sonrasında ise 1987 yılında Gagauz Halk Hareketi kurulur. 20 Ağustos 1990'da Gagauz Türkleri Moldova'dan ayrılarak bağımsızlıklarını ilân ederler. Gagauz Meclisi kurulur. Moldova parlamentosunun Gagauzların özel statüsünü kabul etmesi ile birlikte Gagauzlar 1994 yılında "Gagauz Yeri" (Gagauziya) adını taşıyan bir özerk bölgeye sahip olurlar.
23 Aralık 1994 tarihinde kurulan Gagauzya'nın ilk başkanı Stefan Topal olur. Gagauz Özerk Bölgesi Parlamentosu, 1993 yılında Latin alfabesine geçme kararı almış ve 1996 yılında Latin alfabesine geçilmiştir.