Cumhurbaşkanlığı Sözcüsü Dr. İbrahim Kalın'ın girişimi ile Halil İnalcık, Bakanlar Kurulu kararıyla Fatih Camii Haziresi'ne defnedilmişti. Geçtiğimiz günlerde Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın talimatıyla Halil İnalcık'a geleneksek tarzda "ulema kabri" yapıldı. Halil Hoca'nın baş ve ayak taşlarındaki yazılar altın varakla kaplandı.
İnalcık'ın mezar taşına, eski bir Osmanlı geleneği olan tarih düşürme motifini içeren bir kıta yazıldı.
Kutb-ı aktâb-ı müverrîhîn idi Cümle âsârı buna muhkem delîl Rıhletiyle artık öksüzdür ilim Böyle emretti bunu nazm-ı celîl Şimdi mutlak Fatih’in bağrındadır Fethi ondan dinliyorken biz melîl Hüzn içinde söyledim tarih-i tâm Kalbi yıkdı hicr göçdü Mîr Halîl
Şeklindeki tarih kıtasının son dizesi, ebced hesabıyla ölüm tarihi olan hicri 1437 sayısını veriyor.
Kıtanın anlamı ise şöyle: "Tarihçilerin kutuplarının kutbu idi, bütün eserleri buna sağlam delildir. (ebedi aleme) Yolculuğu ile, ilim artık öksüzdür, tanrının yazdığı bunu böyle emretmiştir. Şimdi mutlaka Fatih'in bağrındadır, fethi ondan dinliyordur biz burada boynu bükük kalmışken. Hüzün içinde tam tarih mısraı söyledim, ayrılık acısı kalbi yıktı, Mir Halil göçtü."